Rozpoczęta wojna przez atak Niemiec na Polskę w 1939 roku nie spowodował paraliżu w działalności Cukrowni i Rafinerii „Lublin”. W październiku 1940 roku zakład wznowił działalność, uruchamiając produkcję cukru na nowy sezon. Poświęcenie zakładu, zgodnie z wieloletnią tradycją, odbyło się 7 października o godzinie 19:00, a już o 22:00 ruszyła kampania buraczana. Była to 46. kampania cukrowni, która funkcjonowała od 1894 roku.

Pomimo trudnych warunków wojennych, cukrownia została rozbudowana i unowocześniona. Wśród nowych inwestycji znalazły się:
- nowy magazyn cukru,
- rozszerzona bocznica kolejowa,
- bunkier na węgiel i wytłoki,
- magazyn techniczny na nawozy sztuczne.
Dodatkowo plac przed fabryką, który ucierpiał w wyniku działań wojennych, został uporządkowany i dostosowany do intensywnego transportu buraków cukrowych.
W sezonie 1940/41 cukrownia miała przerobić ponad 1 milion kwintali buraków, co miało dać ponad 15 milionów kilogramów cukru – o 50% więcej niż w poprzednim sezonie. W zakładzie zatrudniono ponad 1 700 robotników fizycznych oraz około 100 pracowników umysłowych, co było znaczącym wzrostem kadry. Produkcja odbywała się w trybie trzyzmianowym, a transport buraków został zorganizowany poprzez sieć 18 stacji kolejowych oraz lokalnych punktów odbiorczych.
Źródło: